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日本理化學研究所的一個研究小組開發(fā)出稱為“RADICL-seq”(RNA And DNA Interacting Complexes Ligated And sequence)的方法，可在整個基因組中全面檢測細胞核內(nèi)RNA和基因組DNA(染色質(zhì))之間的相互作用。

科學家對很多被稱為“長鏈非編碼RNA (lncRNA)”在內(nèi)的RNA功能尚不了解。而了解RNA功能，必須了解由DNA和組蛋白組成的染色質(zhì)區(qū)域與RNA的相互作用。

從DNA轉(zhuǎn)錄的RNA分為兩種，一種是具有制造蛋白質(zhì)信息的信使RNA(mRNA)，另一種是不具備制造蛋白質(zhì)信息的非編碼RNA(ncRNA，非編碼RNA)。在ncRNA中，長度超過200個堿基的RNA被稱為“長鏈非編碼RNA”。ncRNA的一部分參與體內(nèi)的各種過程，包括轉(zhuǎn)錄和翻譯，以及通過由DNA和組蛋白組成的“染色質(zhì)”的結(jié)構(gòu)變化調(diào)節(jié)基因表達(染色質(zhì)重塑)。

新方法首先用甲醛固定細胞核內(nèi)存在的RNA、蛋白質(zhì)和DNA，然后通過獨特設(shè)計的銜接子序列連接RNA和DNA。之后去除固定的蛋白質(zhì)，僅提取結(jié)合到銜接子的RNA和DNA。通過下一代基因測序器讀取這些基因，然后將其定位到基因組中。這樣可全面了解附近存在的DNA和RNA。

研究小組開發(fā)的方法可以同時捕獲各種核RNA的信息，包括在調(diào)節(jié)基因組DNA的基因表達和維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)中起重要作用的RNA，以及與它們相互作用的基因組區(qū)域。通過這種方法獲得的數(shù)據(jù)還可以用于檢查染色質(zhì)如何組織和調(diào)節(jié)，并提供lncRNA功能的全面評估。今后有望作為研究核內(nèi)RNA的技術(shù)被廣泛應(yīng)用。

研究成果2月24日發(fā)表在《自然通訊》雜志上。(記者 陳超)